摘要:本文為(wei) 科研人員提供因美納Illumina NXTR XT 樣本製備試劑盒(貨號15032352)的詳細用戶指南。涵蓋試劑盒基本信息、特性、作用機製、應用場景、操作流程、注意事項、性能參數及常見問題解答,助力科研人員高效開展實驗。
關(guan) 鍵詞:因美納;Illumina NXTR XT;樣本製備試劑盒;用戶指南
在基因組學、轉錄組學等科研領域,高通量測序技術已成為(wei) 研究生物分子信息的重要手段。而樣本製備作為(wei) 測序流程的關(guan) 鍵環節,其質量直接影響測序結果的準確性和可靠性。因美納Illumina NXTR XT 樣本製備試劑盒(貨號15032352)是一款專(zhuan) 為(wei) Illumina測序平台設計的高效樣本製備工具,能夠為(wei) 科研人員提供高質量的測序文庫,助力科研工作的順利開展。本文旨在為(wei) 科研人員提供一份詳細、專(zhuan) 業(ye) 的用戶指南,幫助大家更好地了解和使用該試劑盒。
品牌:因美納(Illumina)
產(chan) 品名稱:Illumina NXTR XT 樣本製備試劑盒
貨號:15032352
適用平台:Illumina測序平台
存儲(chu) 條件:部分組分需冷凍運輸(-25℃到 -15℃),部分組分需冷藏運輸(2℃到 8℃),具體(ti) 見產(chan) 品說明書(shu)
有效期:12個(ge) 月(在規定存儲(chu) 條件下)
該試劑盒包含多個(ge) 組分,如文庫稀釋緩衝(chong) 液、MiSeqTMDx試劑卡盒、MiSeqTMDx SBS溶液(PR2)、MiSeqTMDx流動槽等。每個(ge) 組分都有其特定的功能和用途,共同協作完成樣本的製備過程。
高通量:每個(ge) 流動槽可批量處理多達192個(ge) 樣本,大大提高了實驗效率。
靈活性:具有更高的樣本通量和批處理選項的靈活性,可滿足不同規模實驗的需求。
整合性:將多種生物標誌物檢測整合到一項檢測中,泛癌生物標誌物內(nei) 容與(yu) 關(guan) 鍵指南和臨(lin) 床試驗相匹配。
Illumina NXTR XT 樣本製備試劑盒基於(yu) 邊合成邊測序(SBS)的原理進行工作。在流動槽中捕獲樣本庫,並使用SBS方法在儀(yi) 器上進行測序。SBS采用可逆終止子方法,在單個(ge) 堿基摻入模板並不斷延伸DNA鏈時進行檢測。具體(ti) 而言,試劑盒中的各種組分協同作用,完成樣本的片段化、末端修複、加A尾、接頭連接、文庫擴增等步驟,最終生成適合測序的文庫。
可用於(yu) 全基因組測序、目標區域捕獲測序等,幫助科研人員深入了解生物體(ti) 的基因組結構和變異情況。
適用於(yu) 轉錄組測序(RNA-Seq),能夠準確測定基因的表達水平,為(wei) 研究基因調控機製提供重要信息。
在癌症基因組研究中,該試劑盒可用於(yu) 檢測癌症相關(guan) 的基因突變、融合基因等,為(wei) 癌症的診斷、治療和預後評估提供依據。
支持單細胞基因組測序和轉錄組測序,為(wei) 研究細胞異質性提供了有力工具。
提取DNA/RNA:根據樣本類型(如血液、組織、細胞等),選擇合適的方法提取DNA或RNA。
質量檢測:使用Qubit、Picogreen或其他染料法對DNA/RNA濃度進行準確定量,並使用Agilent Bioanalyzer 2100等設備檢測樣本的長度分布和質量。
片段化:將提取的DNA/RNA進行片段化處理,可根據樣本類型和實驗需求選擇合適的片段化方法。
末端修複和加A尾:使用試劑盒中的相應組分對片段化的DNA/RNA進行末端修複和加A尾處理,使其適合後續的接頭連接。
接頭連接:將特定的接頭連接到DNA/RNA片段的兩(liang) 端,接頭中含有測序所需的引物結合位點和索引序列。
文庫擴增:使用高保真DNA聚合酶對連接好接頭的文庫進行擴增,增加文庫的濃度和產(chan) 量。
濃度檢測:使用qPCR方法進行文庫濃度檢測,排除單端或雙端都不連接Adapter的不可測序文庫的幹擾。
長度分布檢測:通過Agilent Bioanalyzer 2100等設備檢測文庫的長度分布,確保文庫質量符合要求。
將質檢合格的文庫按照Illumina測序儀(yi) 的操作要求進行上機測序。
部分組分需冷凍運輸和儲(chu) 存,在-25℃到-15℃環境中保持穩定直至有效期末。文庫稀釋緩衝(chong) 液和MiSeqTMDx試劑卡盒為(wei) 一次性使用的試劑,為(wei) 保持穩定,在有效日期前隻允許解凍到室溫1次。一旦解凍,必須裝載樣本庫並立即在MiSeqTMDx儀(yi) 器上運行。或者,解凍的試劑盒可在2℃到8℃的環境下最多保存6小時,然後裝載樣本庫並立即在MiSeqTMDx儀(yi) 器上運行。
部分組分需冷藏運輸和儲(chu) 存,在2℃到8℃環境中保持穩定直至有效期末。MiSeqTMDx SBS溶液(PR2)和MiSeqTMDx流動槽為(wei) 一次性使用產(chan) 品。
試劑外觀的變化可能表明材料的變質,應不使用試劑。
提前開好空調,控製房間溫度和濕度。溫度和濕度極大地影響試劑效果和光路,溫度高測序速度下降且質量不好,濕度大不僅(jin) 會(hui) 影響光路,還會(hui) 使得flowcell上麵凝結水滴,導致測序直接失敗。
搬運儀(yi) 器的時候需要鎖住零部件,要讓工程師來做,否則機器可能出問題,影響光路。
在操作過程中,應嚴(yan) 格遵循試劑盒說明書(shu) 的要求,避免交叉汙染。
使用無RNase和DNase的槍頭、EP管進行試驗,確保實驗環境的潔淨度。
進行文庫擴增前,應確保PCR儀(yi) 已經調試好並處於(yu) 穩定的狀態。
項目 | 參數 |
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樣本通量 | 每個流動槽可處理多達192個樣本 |
測序讀長 | 根據不同的試劑盒規格,可支持不同的讀長,如2×150 bp、2×250 bp、2×300 bp等 |
文庫轉化效率 | 高文庫轉化效率,DNA樣本起始量可低至1ng |
操作時間 | 整個建庫流程僅需2.5小時(部分流程可縮短至90分鍾手動操作時間,15分鍾準備時間) |
兼容性 | 與所有Illumina測序儀兼容 |
可能原因:樣本質量差、擴增循環數不足、試劑質量問題等。解決(jue) 方法:優(you) 化樣本提取方法,增加擴增循環數,更換高質量的試劑。
可能原因:文庫質量不佳、測序儀(yi) 狀態不良、環境因素等。解決(jue) 方法:重新製備文庫,檢查測序儀(yi) 的狀態並進行維護,控製實驗環境的溫度和濕度。
可能原因:操作不規範、實驗器材未清潔幹淨等。解決(jue) 方法:嚴(yan) 格遵循操作規程,使用無汙染的實驗器材,對實驗區域進行定期清理。
因美納Illumina NXTR XT 樣本製備試劑盒(貨號15032352)是一款功能強大、性能穩定的樣本製備工具,為(wei) 科研人員提供了高效、準確的樣本製備解決(jue) 方案。通過遵循本用戶指南中的操作流程和注意事項,科研人員可以充分發揮該試劑盒的優(you) 勢,提高實驗效率和準確性。希望本指南能夠幫助用戶更好地了解和使用該試劑盒,為(wei) 科研工作提供有力支持。