Parallel - seq 巧妙結合了組合條形碼標記與微液滴測序技術,實現 “微液滴過載" 策略,從而能夠高通量、低成本地在同一個單細胞中同步測量基因表達(scRNA - seq)和染色質可及性(scATAC - seq)1。其具體原理如下:
組合索引:通過對細胞進行組合條形碼標記,給每個(ge) 細胞及其內(nei) 的核酸分子加上標簽。這樣在後續的測序分析中,就可以根據這些標簽來區分不同細胞的基因表達和染色質可及性信息,實現對大量單細胞的同時分析,大大提高了通量。
微液滴過載技術:將帶有不同標簽的細胞和相應的試劑包裹在微液滴中。通常情況下,一個(ge) 微液滴中會(hui) 包含一個(ge) 細胞以及用於(yu) 裂解細胞、釋放核酸、進行標記和擴增等反應的試劑。通過這種方式,在微液滴內(nei) 實現對單個(ge) 細胞的基因表達和染色質可及性的同步檢測。“微液滴過載" 策略則是在一個(ge) 微液滴中同時處理多個(ge) 細胞,進一步提高了實驗效率,使得一次實驗可並行分析數十萬(wan) 乃至百萬(wan) 級細胞,同時降低了單個(ge) 細胞的成本1。
測序與(yu) 數據分析:對微液滴中標記和擴增後的核酸進行測序,得到基因表達和染色質可及性的數據。然後通過生物信息學方法對這些數據進行分析,根據細胞的標簽信息將不同細胞的數據分開,並分別對基因表達和染色質可及性進行分析,同時還能在單細胞水平上研究兩(liang) 者之間的相互關(guan) 係。