Illumina 測序試劑盒選擇指南：匹配實驗需求的科學策略

核心需求：精準檢測特定基因的 SNV、Indel、融合（如 EGFR、ALK、ROS1），需關(guan) 注試劑盒的 “靶向基因覆蓋範圍"“低頻突變靈敏度"。

匹配參數：優(you) 先選擇靶向 Panel 試劑盒（如 TruSight Oncology 500），其覆蓋 523 個(ge) 腫瘤相關(guan) 基因，針對 0.5% 等位基因頻率（VAF）的突變檢出率達 98%，假陽性率＜0.1%，適合實體(ti) 瘤靶向治療前的驅動基因篩查；若需同時檢測 DNA 與(yu) RNA 變異（如融合基因），需確認試劑盒是否支持 “DNA-RNA 聯合分析"（TSO500 可同時處理 DNA 與(yu) RNA 樣本，無需額外采購 RNA 專(zhuan) 用試劑盒）。

核心需求：全麵覆蓋基因組或外顯子區域，檢測所有類型變異（SNV、Indel、CNV、結構變異），需關(guan) 注 “覆蓋度均勻性"“PCR 偏差控製"。

匹配參數：選擇全基因組試劑盒（如 TruSeq DNA PCR-Free），其采用無 PCR 擴增設計，避免高 GC 區域擴增偏差，在啟動子、重複序列等挑戰性區域的覆蓋度 CV 值＜8%，適合腫瘤基因組突變圖譜構建、罕見變異挖掘；若僅(jin) 需外顯子區域分析，可搭配 Illumina Exome Capture 探針，降低測序成本（外顯子區域僅(jin) 占基因組 3%，測序數據量減少 90%）。

核心需求：檢測血漿中微量 ctDNA（VAF 常＜1%），需關(guan) 注 “靈敏度"“樣本用量"“抗幹擾能力"。

匹配參數：優(you) 先選擇 ctDNA 專(zhuan) 用試劑盒（如 TruSight Oncology 500 ctDNA v2），其基於(yu) UMI 分子標簽技術，對 0.2% VAF 的 SNV 檢出率≥95%，僅(jin) 需 4mL 血漿（提取 20ng cfDNA），且能通過試劑優(you) 化去除血漿中血紅蛋白、遊離 RNA 等幹擾物質，適合結直腸癌、肺癌等癌症的療效監測或複發預警。

樣本痛點：DNA 易因甲醛固定導致交聯、斷裂，RNA 易降解，傳(chuan) 統試劑盒檢出率下降 20%-30%。

適配試劑盒：選擇支持 FFPE 樣本的試劑盒，如 TSO500 配備 TruSeq FFPE DNA Repair Mix，可修複 DNA 交聯（修複效率達 80%），RNA 用量僅(jin) 需 40-80ng，且對降解 RNA（RIN 值≥2.0）仍有較好兼容性；避免選擇對樣本質量要求高的試劑盒（如部分全基因組試劑盒需完整 DNA，不適用於(yu) 嚴(yan) 重降解的 FFPE 樣本）。

樣本痛點：ctDNA 含量極低（通常＜10ng/mL），含大量正常 cfDNA 幹擾，需試劑盒具備高富集效率。

適配試劑盒：ctDNA 專(zhuan) 用試劑盒（如 TSO500 ctDNA v2）通過 “靶向捕獲 + UMI 去重" 雙重策略，富集腫瘤相關(guan) 基因片段（捕獲效率＞90%），同時去除正常 cfDNA 背景，且樣本用量僅(jin) 4mL 血漿，適合臨(lin) 床小樣本場景；若使用普通全基因組試劑盒（如 TruSeq DNA PCR-Free），需額外增加測序深度（達 5000× 以上），成本會(hui) 增加 3-5 倍，且低頻突變檢出率仍低於(yu) 專(zhuan) 用試劑盒。

樣本痛點：DNA/RNA 總量極少（單細胞 RNA 僅(jin) 10-30pg），需試劑盒具備 “低樣本用量"“高擴增效率" 特性。

適配試劑盒：選擇低起始量試劑盒，如 Illumina Single Cell RNA Prep Kit，可從(cong) 1 個(ge) 單細胞中構建 RNA 文庫，起始 RNA 用量低至 1pg，且通過低偏差擴增技術（擴增效率＞95%），避免基因表達偏差；若使用常規 RNA 測序試劑盒（如 TruSeq RNA Exome），需至少 100ng RNA，無法滿足珍貴樣本需求。

平台選擇：NextSeq 550、MiSeq 係列（通量適中，運行時間短）。

試劑盒匹配：選擇適配中低通量平台的試劑盒，如 TSO500 在 NextSeq 550 上單次可處理 8-36 個(ge) 樣本，300-cycle 試劑盒數據產(chan) 出量達 39GB，滿足每個(ge) 樣本 1000× 測序深度需求；若選擇 NovaSeq X 係列（單次最多處理 960 個(ge) 樣本），會(hui) 導致平台資源閑置，單次實驗成本增加 5-10 倍。

平台選擇：NovaSeq 6000、NovaSeq X 係列（高通量，單位樣本成本低）。

試劑盒匹配：選擇支持高通量樣本 multiplexing 的試劑盒，如 TruSeq DNA PCR-Free 配備 96 個(ge) UD 雙索引，可在 NovaSeq X 係列上同時處理 96 個(ge) 樣本，每個(ge) 樣本測序成本較 NextSeq 550 降低 60%；且 NovaSeq X 係列運行時間縮短 40%（300-cycle 運行僅(jin) 需 28 小時），適合大規模腫瘤隊列研究（如 100 例以上樣本的 TMB 分析）。

平台選擇：NovaSeq 6000（支持 2×300bp 讀長）。

試劑盒匹配：選擇支持長讀長的試劑盒，如 Illumina TruSeq Long Read Kit，可構建 3-5kb 文庫，配合 2×300bp 讀長，能檢測 50bp 以上的大 Indel 或結構變異；若使用常規 2×150bp 讀長試劑盒（如 TSO500），無法完整覆蓋長片段變異，易導致結構變異漏檢。

策略：選擇 “定向檢測 + 中低深度" 組合，如使用 TSO500 檢測核心驅動基因（如 EGFR、KRAS），測序深度設為(wei) 500×（而非 1000×），數據量減少 50%，成本降低 40%，且仍能滿足 0.5% VAF 突變的檢出需求；同時通過上海易匯生物的期貨定製服務，提前 30-60 天鎖定試劑盒產(chan) 能，

策略：優(you) 先保證 “數據可靠性"，選擇臨(lin) 床級質控試劑盒，如 TSO500 ctDNA v2 通過 FDA/CE-IVD 認證，批次間數據偏差＜2%，適合用於(yu) 臨(lin) 床療效監測數據的發表；雖然單樣本成本較普通試劑盒高 30%，但可避免因數據不可靠導致的實驗重複（重複實驗成本通常是初始成本的 2-3 倍）。

實驗需求：檢測 FFPE 樣本中 EGFR、ALK、ROS1、BRAF 等基因的 SNV、Indel、融合，突變檢出下限 0.5% VAF，樣本量有限（僅(jin) 1 片 5μm FFPE 切片，提取 DNA 約 40ng、RNA 約 60ng）。

參數匹配：

樣本兼容性：需支持 FFPE 樣本，DNA 用量≤40ng、RNA 用量≤80ng（TSO500 符合，DNA 用量 40ng、RNA 用量 40-80ng）；

變異檢測範圍：需覆蓋 EGFR 等驅動基因的 SNV、Indel、融合（TSO500 覆蓋 523 個(ge) 腫瘤基因，含上述基因所有變異類型）；

靈敏度：0.5% VAF 突變檢出率≥95%（TSO500 檢出率 98%，假陽性率＜0.1%）；

最終選擇：TruSight Oncology 500（DNA+RNA 聯合檢測模塊），搭配 NextSeq 550 平台（單次處理 8 個(ge) 樣本，匹配小批量篩查需求）；通過上海易匯生物現貨服務，當日下單次日獲取試劑盒，避免 FFPE 樣本降解風險。

實驗需求：每 2 周期采集患者血漿（4mL / 次），檢測 KRAS、NRAS、BRAF 的 SNV（VAF 下限 0.2%）及 TMB 值，需 6 個(ge) 月內(nei) 完成 12 例患者的 4 次監測（共 48 個(ge) 樣本）。

參數匹配：

樣本類型：血漿 ctDNA，需低樣本用量（≤4mL）、高靈敏度（0.2% VAF 檢出率≥95%）（TSO500 ctDNA v2 符合，樣本 4mL、靈敏度 95%）；

通量與(yu) 時間：48 個(ge) 樣本分 4 批次檢測，每批次 12 個(ge) 樣本，需運行時間＜3 天（TSO500 ctDNA v2 在 NovaSeq X 係列上，48 個(ge) 樣本分 12 批次，每批次運行 28 小時，3 天內(nei) 完成）；

數據可比性：批次間 TMB 計算誤差＜5%（TSO500 ctDNA v2 臨(lin) 床級質控，誤差＜3%）；

最終選擇：TruSight Oncology 500 ctDNA v2，搭配 NovaSeq X 係列（高通量降低單位成本）；通過上海易匯生物期貨服務，提前 45 天鎖定 4 批次試劑盒產(chan) 能，確保每批次試劑靈敏度一致，數據可比。

實驗需求：分析新鮮冷凍黑色素瘤組織的全基因組變異（SNV、Indel、CNV、結構變異），需覆蓋高 GC 區域（如 TERT 啟動子），測序深度 30×，樣本量充足（提取 DNA 2μg）。

參數匹配：

覆蓋範圍：全基因組，需無 PCR 偏差（TruSeq DNA PCR-Free 無 PCR 擴增，避免高 GC 區域偏差）；

覆蓋均勻性：挑戰性區域（GC＞65%）覆蓋度偏差＜10%（TruSeq DNA PCR-Free 在 GC 富集區覆蓋度 CV 值＜8%）；

樣本用量：DNA 用量≤2μg（TruSeq DNA PCR-Free 需 1μg，符合需求）；

最終選擇：TruSeq DNA PCR-Free（全基因組文庫製備試劑盒），搭配 NovaSeq 6000 平台（30× 深度下，單樣本數據量 90GB，NovaSeq 6000 單次可處理 16 個(ge) 樣本）；通過上海易匯生物現貨 + 期貨組合服務，先采購 2 套試劑盒完成預實驗，再提前 30 天鎖定 14 套試劑盒用於(yu) 正式實驗，平衡進度與(yu) 成本。

案例：某實驗室為(wei) 檢測 FFPE 樣本中 1% VAF 的 KRAS 突變，選擇 TSO500 ctDNA v2（0.2% VAF 靈敏度），導致單樣本成本增加 50%；

優(you) 化策略：根據突變檢出下限選擇靈敏度，1% VAF 需求可選擇 TSO500（0.5% 靈敏度），成本降低 30%，仍滿足實驗需求；若後續需降低檢出下限，可通過上海易匯生物的定製化服務，額外采購 UMI 標簽模塊升級試劑盒，無需重新更換全套試劑。

案例：使用 TruSeq DNA PCR-Free（需完整 DNA）處理降解的 FFPE 樣本（DNA 片段＜200bp），導致文庫構建失敗，浪費 2 周實驗時間；

優(you) 化策略：提前檢測樣本質量（如用 Agilent 2100 檢測 DNA 片段分布），降解樣本優(you) 先選擇 TSO500（支持片段＜100bp 的 DNA），並通過上海易匯生物的 “樣本預評估 + 試劑試用" 服務，先獲取 1 套試用裝驗證兼容性，再批量采購。

案例：僅(jin) 需檢測 8 個(ge) 樣本，卻選擇 NovaSeq X 係列（單次最少處理 32 個(ge) 樣本），導致 24 個(ge) 樣本位閑置，成本增加 3 倍；

優(you) 化策略：根據樣本量選擇平台，8 個(ge) 樣本優(you) 先用 NextSeq 550，若未來樣本量可能增加，可通過上海易匯生物的 “靈活批次" 期貨服務，先鎖定 NextSeq 550 試劑，後續樣本量達標後再切換至 NovaSeq X 係列，避免平台資源浪費。